館藏地圖包含兩個部分，一為接收經濟部檔案時一併移轉之一萬五千餘幅河道水文圖、軍事地形圖與要塞圖；另一部分為接收外交部移轉之一千八百餘幅中國區域圖與交通圖、世界地圖。各類地圖的測繪時間、測繪機關、比例尺、印刷方式與圖幅大小皆有不同，且有部分手繪原稿，極其珍貴。