1938年經濟部成立，將原分散於內政部、全國經濟委員會等機關之有關水利事務一體劃歸該部，設水利司專管其事，至此歷來分散之水利行政事權始得統一。1941年復將經濟部所管水利事務劃出，特設行政院水利委員會，以統籌全國水利建設及預籌戰後水利復興計劃。1946年改稱為水利委員會。1947年改組為水利部。
行政院水利委員會檔案內容包含秘書處、總務處、工務處、會計處、人事室等行政單位之資料，另有導淮委員會、黃河水利委員會、揚子江水利委員會、江漢工程局、涇洛工程局及測量隊、水文站、氣象研究所等多項業務單位之資料。
