1927年4月17日，國民政府定都南京前夕，國民黨在南京舉行的中央政治會議中決議設立中央研究院。11月組中研院籌備委員會。自1928年1月起的數年間，在北京、上海分設地質、天文、氣象、物理、化學、工程、社會科學、歷史語言、心理、動植物等研究所。6月9日，第一次召開院務會議，宣布正式成立。至抗戰爆發，各所分別西遷昆明、桂林、重慶等地。戰爭結束後，陸續復員。1949年，大陸易幟，隨政府播遷來台者僅有歷史語言及數學兩所，之後逐步擴展，至2011年止共設有24個研究所及7個研究中心。而留在中國大陸者則改組為中國科學院。1977年，人文社會科學另成立中國社會科學院。

南京二檔院史資料內容分兩大類，一為行政業務的總務、會議、出版、法規、條陳及建議，一為抗戰前陸續設立的物理、化學、工程、地質、天文、氣象、歷史語言、心理、社會科學、動植物等十個研究所之所務資料。檔案起迄時間為1927至1949年。