本所自1955年接收外交檔案後，立即著手整理與編目工作。至1956年7月，先就檔案中原已裝訂成冊或已裱糊各件，編成《清季外交清檔要目及概況》乙種。同年9月，外交部與中央研究院換文商定「合作整理舊檔案辦法」，其中規定本所應擔負工作有三：

此後，本所即依類分項進行編輯整理工作，包括分類編目、製作卡片、整理散檔、裝裱舊冊等。至1968年，編輯《外交檔案目錄》上下兩冊，同年十月油印成冊，計分類案目47類，共939頁。惟該目錄係就當時檔案架作分類編號依據，嗣因檔架有所移動，查閱頗為不便，加以本所自1966年12月起陸續接管經濟部檔案以後，為使外交、經濟兩種檔案統合管理，於1986年至1989年間，再將外交檔案重新編號，計得3,911函。

此外，為利檔案永久保存，自1991年10月起開始製作外交檔案微縮影片，共拍攝157卷（編號03-01～03-11），於2001年起分5年完成數位影像檔案的製作。

外交檔編目工作於本所籌備之初即已開始，當時經費短缺，人手亦少，無法指派專人負責，1955至1958年的初期整理工作由所內人員共同參與進行。自1958年起，本所設立檔案室，先由黃嘉謨先生主持，後來指派呂夢麗先生實際執行外交檔的整編工作，至1972年2月為止，期間胡庭洞先生亦曾參與。1972至1980年，檔案室由陶英惠先生主持；1981至1984年由蘇雲峰先生負責，並由王世福先生實際執行外交檔案編目工作。1985年起，外交檔與經濟檔合併，由本所檔案編纂管理小組統籌管理。1988年檔案館成立，接手管理工作。自1985年起至1989年6月止，外交檔案整編工作由謝國興先生主持，簡卡芬、蘇惠芬小姐負責編目。1990年起由黃福慶先生主持，莊樹華小姐負責編輯《外交檔案目錄彙編》一、二兩冊。該目錄以冊為單位，逐件摘錄其內容（原舊目錄是以卷為單位），並於1991年5月出版。1996年在本院計算中心的支援下，將此套目錄輸入電腦，可經由網路作全文檢索。2001年檔案館開始進行外交檔案影像數位化製作，完成之數位影像配合檢索系統開放於網路。

自1966年起，近史所陸續獲得歷任經濟部長的支持，將經濟部庋藏的自清末至民國的經濟舊檔移轉近史所整理研究。經濟檔大致可分為兩類，一為1949年前大陸時期的經濟部門檔案，二為戰後台灣時期的經濟部門檔案

近史所於1964年接收朱家驊先生檔案，之後陸續有重要之個人與團體資料入館。2002年檔案法施行，明定政府檔案定期移轉至檔案管理局，自此民間資料即成為本館的史料徵集重心。相較於官方檔案，其載體與內容更為多元

館藏的經濟檔案中含有數量可觀的各式地圖，極具經濟史、軍事史與地理行政沿革研究的參考價值。1991年完成整編，並出版目錄彙編。2004年與中研院計算中心合作執行地圖影像數位化，並建置檢索系統，提供讀者更便捷的利用

隨著資訊科技的進步，檔案影像數位化與建置完整的後設資料，提供讀者線上瀏覽與檢索，破除了時空的限制，檔案的利用較傳統更為便捷與多樣。館藏檢索系統所提供之目錄或影像，會隨個別檔案的整編與數位化進度而更新