經濟部門檔案
經濟部檔案自交本所以後，本所即以有限的人力與經費逐步開箱清點與整理，整理編目方法亦經多年摸索改正。有關本所投入整理此項檔案之人力，以及整編方法，大致可分為以下幾個時期：
- 1977年以前，先後由趙中孚、陳三井、李國祁及王聿均四位先生主持，僅以本所有限的經費僱聘臨時編輯人員，進行開箱、清點、依機關分類裝袋、編製卷宗卡片、製作提要卡等工作，尚無法建立分類及編目系統，進度亦甚緩慢。先後參與工作的有助理編輯人員蕭璠、魏明美、林能士、詹秋蓉、林世兒、洪喜美、劉靄華、石秋亮、郭豐吉、施琴婉、江淑燕、王敦還、吳玉環、吳碧芳、李學敏及本所管理員孫斌與助理員張秋雯等人。
- 1978年1月起至1981年6月止，由王聿均先生主持，李念萱先生為協同主持人。因獲得劉廣京院士的協助，促成以中美合作方式資助本所整理這批檔案。其方式先由國科會資助兩年經費，續由美國學會聯合會（American Council of Learned Societies）資助兩年。整編工作乃加速進行，三年半期間，完成了數萬卷宗的編目工作。其整編方法，大致於各機關之下，依檔案內容分類，如經濟部檔案，分農林、漁業、礦業、工業技師等類；類下再依省區或其他性質分為細類。參加此期整編計劃的編輯助理，先後計有吳碧芳、鄭瑋、王正華、陳淑婉、陳雪英、樂莉萍、張桂鶯、王世流、吳玫珍、陳美錦等人。
- 1981年起，由王樹槐先生主持凡三年。1982年起增加范毅軍先生為協同主持人。繼續由國科會補助，參加編目之編輯助理計有：吳碧芳、陳國倫、陳淑婉、陳美錦、李郁芳、陳富美、王秀惠、黃麗生、蔡素娥等人。整編方法與前一階段不同，即改以檔案從屬於原來行政機關之系統為原則。除極少例外，第一、二級均依機關分，如經濟部為第一級，其下之司、廳、署及專業機構為第二級。於次級機構下才依檔案屬性分類，如總務、人事、經費、業務、工作報告等。惟導淮委員會檔案，因盡屬水利性質，故不分次級機構而直接分類。於整編工作完成後，再依次級機構分類次序編號，彙成函目，並另製卡片目錄，依事項類別排列以供檢索。本檔之整理與運用，至此始建立一個適宜的體系，並就已經整編之部份，商得經濟部之同意，於1982年4月起正式對外開放。
- 1984年7月起，經濟檔之整編及管理工作，改由經濟檔編目管理小組負責，此一小組的成員包括熊秉真女士、林滿紅女士、謝國興先生等三人，熊秉真為召集人，謝國興為執行人，經費全由本所預算上開支。擔任助理者有吳碧芳、陳美錦、李郁芳、黃麗生、蔡素娥、陳昭璇等人。整理編目方法則一仍舊慣。截至1985年6月底止，共完成導淮委員會、水利部、農林部、全國經濟委員會等四個部會檔案之編目工作。
- 1985年7月至1986年6月，由熊秉真女士擔任主持人，謝國興先生擔任協同主持人，向國科會申請經費，完成清末商部、農工商部、北京政府農商部、國民政府建設委員會等機構之編目工作。參與工作者有吳碧芳、黃麗生、陳昭璇、蔡素娥、陳美錦、李平、江淑玲、莊樹華等人。
- 1987年7月至1989年6月，由王樹槐先生擔任主持人，謝國興先生擔任協同主持人，仍獲國科會經費，加上本所業務費補助，完成國民政府實業部及經濟部檔案編目工作。先後參與編目的研究助理計有：吳碧芳、黃麗生、李平、江淑玲、莊樹華、楊同慧、謝淑芬等人。
- 1988年7月起，檔案館正式設立，由黃福慶先生任主任，謝國興先生任執行秘書（至1989年9月卸任）。並於1989年國科會計劃結束後，由本所業務費項下支援一切的檔案編目工作。至1995年止，先後完成行政院水利委員會、水利部之編目工作，並出版《經濟檔案函目彙編》。其間並進行資源委員會檔案的微捲拍攝。參與工作的成員有：吳碧芳、江淑玲、楊同慧、李素蓮、許敏玲、蘇惠芬、蕭玉蕊、陳人琳、陳美蓉、莊慧君、陳素主、林秋敏、吳鳳蓮、馮彩雲、曾秀美、林淑暖、謝晶如、周碧華、王玥、林世青、連雪琄、李朝順等人。
- 1994年2月，呂芳上先生接任檔案館主任，首先將檔案的修補改以傳統裱褙方式，並以卷宗取代函套。為了規劃檔案的光碟製作，先後停止了外交部及資委會的微捲拍攝，改拍攝中外地圖。檔案的整理先後完成了汪政權經濟部門檔案、美援會、經安會，並將目錄逐筆輸入電腦，以配合資訊自動化的需求。其間參與工作者有：莊樹華、蔡淑瑄、連雪琄、林淑暖、姜正華、王玥、林世青、陳雅鈴、林貞君、劉增富、陳愛萍、林秀娟等人。
- 1995年9月，楊翠華女士接任檔案館主任。本館為配合新興戰後台灣史研究的需求，著手整理1949年後國營事業單位的檔案。1996年本院成立檔案協調會，由劉翠溶女士任召集人，楊翠華女士擔任副召集人，在該會的贊助下，檔案館將戰後行政院經濟安定委員會及美援會的檔案約十萬頁，掃描製成光碟，並和台灣省文獻委員會合作，掃描台灣區生產事業管理委員會20餘萬頁的檔案，及台灣省議會藏外匯貿易審議委員會約6萬頁的資料。此期於檔案館工作的有莊樹華、蔡淑瑄、林淑暖、姜正華、陳雅鈴、劉增富、陳愛萍、林秀娟、巫金燕、隋皓昀等人。
- 1998年4月許雪姬女士接任檔案館主任。1999年5月近史所院史室合併於檔案館。檔案館此期工作重點為檔案數位典藏的推動，進行經濟部商業司檔案數位影像製作，並與台灣省文獻委員會合作「日治時期台灣總督府公文類纂整理計劃」。此期參與工作的同仁有莊樹華、蔡淑瑄、林淑暖、姜正華、林秀娟、隋皓昀、蔡美華、龐桂芬、李慧玲等人。
- 2001年4月張淑雅女士接任檔案館主任。檔案館在既有的基礎上，繼續將重點工作置於推行檔案的數位典藏。同年參與本院「國家典藏數位化計畫」，該計畫於2002年正式成為為期5年的國家型科技計畫後，近史所繼續以「近代外交經濟重要檔案數位典藏」參與本院總計畫，並同時進行以數位化為中心之檔案整編、目錄製作、影像掃描、資料庫開發工作。期間並與國史館台灣省文獻館繼續進行「日治時期台灣總督府公文類纂整理計劃」。此期參與的工作同仁有莊樹華、蔡淑瑄、林淑暖、林秀娟、隋皓昀、蔡美華、龐桂芬、李慧玲、林威妏、蘇美惠、莊惠蘭、尤秀美、許惠文、張凱達等人。
- 2004年3月莊樹華女士接任檔案館主任。除整編檔案外，並繼續推動檔案數位化之工作，先後完成經合會、訴願委員會、建設委員會、汪政府經濟部門之數位影像。2005年起，陸續與外合作，協助執行台糖公司、中油公司、經濟部水利署、土地銀行等單位之檔案數位化計畫。2011年12月，館藏檢索系統上線。此期參與的工作同仁有蔡淑瑄、林淑暖、蔡美華、龐桂芬、李慧玲、林威妏、蘇美惠、許惠文、張慧貞、黃敬茹、陸怡君、魏瑄誼、陳依婷等人。
檔案的徵集與整編
外交部門檔案
本所自1955年起陸續自外交部接收了清末至北洋政府時期之外交部門檔案，歷經多年的整理散檔、裝裱舊冊與分類編目，出版目錄彙編與外交史料彙編。近年又與外交部合作，將寄存的國民政府時期外交部檔案數位化並對外開放
館藏地圖
館藏的經濟檔案中含有數量可觀的各式地圖，極具經濟史、軍事史與地理行政沿革研究的參考價值。1991年完成整編，並出版目錄彙編。2004年與中研院計算中心合作執行地圖影像數位化，並建置檢索系統，提供讀者更便捷的利用
數位典藏
隨著資訊科技的進步，檔案影像數位化與建置完整的後設資料，提供讀者線上瀏覽與檢索，破除了時空的限制，檔案的利用較傳統更為便捷與多樣。館藏檢索系統所提供之目錄或影像，會隨個別檔案的整編與數位化進度而更新