個人、團體捐贈資料
個人檔案的分類與政府檔案以組織為分類方式有別，由於人物資料產生於個人生命中各階段的各項活動，所含資料的載體與文件性質之多樣往往超過官方檔案，故在分類排序時必須同時考慮多項因素：
- 資料的媒材類型；
- 個人生平傳記的時序；
- 資料的主題；
- 文件類型。
- 第一項、資料的媒材類型：個人檔案的載體可分為紙質、照片、多媒體與器物。朱家驊檔案屬量大質精，但可惜的是只有極為少數的照片，其餘皆為紙質檔案。王世杰檔案則除紙質外，另有照片270餘張。錢思亮檔案與王世杰檔案相同，檔案載體皆含有照片與紙質部分。吳大猷檔案最為完整，含括了紙質、照片、器物與多媒體等四種載體。多元化的資料保留了多面向的個人與時代的紀錄，提供了中國近現代史研究的更多素材。
- 第二項、個人生平傳記的時序：以朱家驊先生檔案為例，朱先生位居要津，檔案的第1至11系列即是以其先後執掌的主要黨政職務為序，計有交通部長、浙江省政府主席、參事室主任、中央黨部秘書長、中央調查統計局局長、中央組織部部長、中央研究院總幹事院長、考試院副院長、教育部長、行政院副院長、總統府資政等，檔案內容即為各職位所遺之相關資料。
- 第三項、資料的主題：以朱家驊先生檔案為例，第12至26系列是以檔案內容所關涉的事件為別，主要有學術文化、民意代表選舉、人事資料、邊疆、聯合國中國同志會、中德關係、中印關係、中韓關係、中日關係等。
- 第四項、文件類型：在個人資料中的日記與函札是很重要的資料類型。如王世杰檔案中，最重要且有系統的資料當然為其手寫的日記。日記始自1933年5月，止於1979年9月，歷時47年，其中時有間斷，但在抗戰時期部分則相當完整。也因為其一生的志業，涵蓋了學術、政治與外交，曾擔任過許多重要職務，其日記記錄了許多所接觸的要人，所經歷的要事，為學術界，尤其是研究近代中國政治史與外交史的學者們所重視的珍貴史料。而函札不僅具備了史料、文物價值，而且在自然的筆情墨趣中，展現了個人的書法風格與藝術。例如在王世杰的檔案中有張大千的信函與手繪賀卡；在李國鼎檔案中有劉大中、蔣碩傑、吳健雄、施振榮等人的手札。為便於讀者查閱，整編者詳列出每一可辨識的寄件或收件人名。
檔案的徵集與整編
外交部門檔案
本所自1955年起陸續自外交部接收了清末至北洋政府時期之外交部門檔案，歷經多年的整理散檔、裝裱舊冊與分類編目，出版目錄彙編與外交史料彙編。近年又與外交部合作，將寄存的國民政府時期外交部檔案數位化並對外開放
經濟部門檔案
自1966年起，近史所陸續獲得歷任經濟部長的支持，將經濟部庋藏的自清末至民國的經濟舊檔移轉近史所整理研究。經濟檔大致可分為兩類，一為1949年前大陸時期的經濟部門檔案，二為戰後台灣時期的經濟部門檔案
館藏地圖
館藏的經濟檔案中含有數量可觀的各式地圖，極具經濟史、軍事史與地理行政沿革研究的參考價值。1991年完成整編，並出版目錄彙編。2004年與中研院計算中心合作執行地圖影像數位化，並建置檢索系統，提供讀者更便捷的利用
數位典藏
隨著資訊科技的進步，檔案影像數位化與建置完整的後設資料，提供讀者線上瀏覽與檢索，破除了時空的限制，檔案的利用較傳統更為便捷與多樣。館藏檢索系統所提供之目錄或影像，會隨個別檔案的整編與數位化進度而更新