商部

1903年 (光緒29年) ，清廷設立商部，兼辦農工及鐵路事務。檔案以礦務檔案為主，含直隸、山東、河南、湖北四省煤、金礦產資料

行政院經合會

行政院國際經濟合作發展委員會檔案包含大量美援會時期與部分經濟建設委員會資料，主要含1950年代美援方案總卷、開發基金、世界銀行與國際復興開發銀行之貸款等

行政院美援運用委員會

美援會檔案含有美援會、經濟援助小組、聯合國亞洲暨遠東經濟委員會等之會議紀錄，與各公私單位公司間之往來文件，美援運用的計劃與報告等相關資料

行政院經濟安定委員會

經安會檔案含有行政單位的秘書處、業務單位的第一組至第五組及工業委員會之資料。第一組至第五組及工業委員會，則多為會議紀錄、工作報告等文件

駐日代表團

駐日代表團成立於1946年5月。1952年，國府與日本簽訂中日和平條約，恢復駐日大使館，駐日代表團隨之裁撤。檔案含總卷、商務及日本賠償及歸還物資接收等資料

汪政府經濟部門

汪政府經濟部門檔案含有農礦部、農業策進會、實業部、糧食部、水利署等五個單位之資料，還有另外少數1938年至1940年維新政府時期之檔案

導淮委員會

導淮委員會檔案內容包含組織與法規、人事、經費、會議、各省水利、工程計劃及報告、測繪、工程、土地及其他等多項類別

農工商部

1906年，清廷將工部併入商部，改為農工商部。內容包含數省水利資料與礦務資料。水利資料為目前國內僅見之清代水利建設專業檔案

工商部

工商部職掌工務、商務、礦務。工商部檔案內容以礦業為主，包含直隸、山東、湖北、四川等省的煤產及公司產權、資本額數等資料

農商部

1913年，工商部與農林部合併為農商部。檔案內容主要為數省區的水利及礦務資料，其中礦業佔絕大多數，另有極少數的畜牧資料

全國水利局

全國水利局檔案內容主要為各省水利會、特定的水利案件之人事與業務資料，及直隸、江蘇、東三省的水利資料

內務部

1906年 (光緒32年)，清政府新設民政部，至南京臨時政府成立，改稱內務部。本館內務部檔案僅限於內務部土木司中直隸一省水利資料

實業部

實業部檔案內容分為行政與業務兩大類，行政單位有總務、人事資料，業務單位含括林墾署、農業司、工業司、商業司等之資料

經濟部

1938年實業部改組為經濟部。經濟部檔案龐雜，可分行政與業務兩大類，而業務單位留有大量公、民營工、商、礦類公司行號基本資料

水利部

水利部檔案內容包含總務司、人事室、器材司等行政單位資料，及華北水利工程總局、海河工程局、中央水利實驗處等多項業務單位資料

農林部

農林部檔案內容包含一般行政單位、專業行政單位、委員會及事業機構等之資料。事業機構有農業、林業、漁業、畜牧、墾殖等類

資源委員會

資源委員會檔案內容，分為一般行政、服務研究單位及電業、煤礦石油、鋼鐵、礦業、機械、電器、化學、造紙、水泥及紡織等資料

建設委員會

1928年，建設委員會成立，為國民政府掌理全國建設計劃之機構。建設委員會檔案主要含括行政業務與農、礦、電業資料

行政院水利委員會

行政院水利委員會檔案內容包含秘書處、總務處、工務處、會計處、人事室等行政單位資料，另有導淮委員會等多項業務單位資料

全國經濟委員會

自國民政府成立以迄抗戰前，全國水利建設之檔卷，大致均匯集於經委會。除水利外，還有棉統會、蠶絲會等之農業資料，然數量稀少