本所自1955年起陸續自外交部接收了清末至北洋政府時期之外交部門檔案，歷經多年的整理散檔、裝裱舊冊與分類編目，出版目錄彙編與外交史料彙編。近年又與外交部合作，將寄存的國民政府時期外交部檔案數位化並對外開放

自1966年起，近史所陸續獲得歷任經濟部長的支持，將經濟部庋藏的自清末至民國的經濟舊檔移轉近史所整理研究。經濟檔大致可分為兩類，一為1949年前大陸時期的經濟部門檔案，二為戰後台灣時期的經濟部門檔案

近史所於1964年接收朱家驊先生檔案，之後陸續有重要之個人與團體資料入館。2002年檔案法施行，明定政府檔案定期移轉至檔案管理局，自此民間資料即成為本館的史料徵集重心。相較於官方檔案，其載體與內容更為多元

館藏的經濟檔案中含有數量可觀的各式地圖，極具經濟史、軍事史與地理行政沿革研究的參考價值。1991年完成整編，並出版目錄彙編。2004年與中研院計算中心合作執行地圖影像數位化，並建置檢索系統，提供讀者更便捷的利用

隨著資訊科技的進步，檔案影像數位化與建置完整的後設資料，提供讀者線上瀏覽與檢索，破除了時空的限制，檔案的利用較傳統更為便捷與多樣。館藏檢索系統所提供之目錄或影像，會隨個別檔案的整編與數位化進度而更新